阿布格莱布监狱虐囚事件曝光后，津巴多和媒体很快将它与斯坦福囚徒实验联系起来。接受了几次采访之后，一家律师事务所找上了他。这家事务所要为上士伊凡.弗雷德里克（Ivan Frederick）做辩护。上士是部队的宪兵，在阿布格莱布监狱1A和1B层值夜班，而这两层，正好是全伊拉克虐囚事件最严重的地方。津巴多并未否认弗雷德里克虐囚的事实（弗雷德里克对此供认不讳），但他知道，自己想要探究的是促使警卫们折磨、虐待、羞辱囚犯的深层环境原因。按津巴多的说法，弗雷德里克到伊拉克之前，是个地道的爱国青年，“经常去教堂，家门口每天都挂着美国国旗，一听到国歌就热泪盈眶地挺胸起立，信奉民主自由的美国价值观，他参军正是为了捍卫这些价值观。”弗雷德里克被控虐囚后，津巴多安排了一位军方的临床心理医生给他进行了全面的心理评测。评测指出，从各个方面来看，弗雷德里克都再平常不过了。他有着平均水平的智商和个性，“没有虐待狂或病态倾向。”对津巴多来说，这些结果“有力地说明，军队和检方主控人强加给他的‘坏苹果’特质论是没有事实依据的”。

    根据自己在斯坦福监狱实验和阿布格莱布监狱的发现，津巴多提出了人、环境和制度的三要素说，以及这三者如何相互作用，驱使好人做恶事。这里我们看到了恶的特质论（人）、恶的环境论（环境），以及津巴多在考察了阿布格莱布监狱事件之后新增的第三项要素——也即人与环境共存的背景（制度）。“看到有关阿布格莱布监狱的报道时，我很想知道，到底是谁创造了这种扬恶的环境，”他回忆说，“制度是更大的木桶：也就是确立此类环境的法律、经济、历史和政治势力。大多数制度都有一层外壳，毫无透明度可言。”